电子显微镜使用电子束与样品相互作用产生的信号来获取有关结构，形态和组成的信息。

1. 电子枪产生电子。
2. 两组聚光镜将电子束聚焦在样本上，然后聚焦成细束。
3. 为了将电子向下移动到色谱柱，在钨丝和阳极之间施加了一个加速电压（通常在100 kV-1000 kV之间）。
4. 待检查的样品非常薄，至少比光学显微镜薄200倍。切下20-100 nm的超薄切片，该切片已经放置在样品架上。
5. 电子束穿过样品，并且电子会根据样品不同部分的厚度或折射率而散射。
6. 样品中较稠密的区域会散射更多的电子，因此在图像中显得更暗，因为更少的电子撞击屏幕的该区域。相反，透明区域更亮。
7. 从样品中出来的电子束到达物镜，该物镜具有高功率并形成中间放大图像。
8. 目镜然后产生zui终的进一步放大的图像。